政权更迭之际总是呈现出一片混乱的景象。身为秘书，许宝蘅记录了许多中枢活动的内容。这些点滴的记载，将民国初建后大总统决策制度、文秘制度的建立情况，大致描绘出来。日记中写道：

辛亥十二月廿九日（1912年2月16日） 早饭后到公署。璧臣（华世奎，字璧臣）告余项城命厅员及各参议员皆移至外务部署内办公，留余在原处传话接洽，大约须俟移动后再实行。昨日南京参议院有电来，昨日三钟公举项城为大总统，请其赴宁任事，项城复黎元洪电告以北方不能轻动。

壬子正月初三日（2月20日） 十一时到公署，知项城派余为内政秘书，承宣厅同人移在南院办事，公署将为总统私第。

正月初四日（2月21日） 七时起，到秘书室晤同人阮斗瞻（忠枢）、金伯平（文山）、吴向之（廷燮）、闵保之（尔昌）、沈吕生（祖宽）、余东屏（建侯）诸人，又晤临时筹备处同人，筹备处设在外务部西侧，内分法制、外交、内政、财政、军事、边事各股。项城嘱余与承宣厅诸人接洽办事，四时先散。[22]

可见，在许宝蘅的协助下，新旧交替才得以完成，总统府的秘书班子才得以建立。许宝蘅还亲自见证了正月十二日（2月29日）发生的军队哗变事件：

七时起，早饭后到厅，到秘书室，午饭后到行，五时仍回秘书室。八时正晚饭，忽报齐化门外所驻第三镇之九标炮辎各营兵变，攻入齐化门，因传说将下剪发令，又因陆军部将该营加饷扣减，遂尔哗溃。正在查询，即闻枪声甚近，盖府内尚驻有十标一营与变兵相应，遂与总统避入地穴内，一面派人宣谕并无扣饷、剪发之事。又闻枪声甚急，一面派人分头探察宣谕，劝令归伍。旋报称该兵队有退向齐化门者，又有投西去者，又有投南去者，声言决不伤及总统，盖志在抢掠也。枪声稍远，侍总统回至办公室，知照各路侦探，旋见东安门一带火起，灯市口一带继之，东北、东南两面相继焚烧，探报变兵大肆抢掠；又报南京来使有洪军保护无虞；又报第三镇九标一营赴帅府园保护曹仲山统制。二、三两营拟出营救火，请总统命令，余谓黑夜之间未叛之兵，不宜轻出，遂止其出营。又报东四牌楼一带无处不抢，又执法处报西城尚安靖，本府卫兵亦有离伍出抢者。至三时后，各处火势渐衰。乌金吾报已调消防队救火，枪声渐少，至四时倦极，在椅上躺睡。此次变端，初无所闻，事起后无从弹压，惟有静以待旦。

关于此次兵变，传统说法认为是袁氏为拒绝到南京任职大总统而幕后策划的，但从许氏的记载看，这种说法值得重新讨论。[23]

稍后，国务院初组，许宝蘅又受唐绍仪之邀兼任国务院秘书，一时间在总统府和国务院之间疲于奔命，履行着艰巨的幕职工作。袁世凯先后与唐绍仪、陆征祥、熊希龄等总理发生矛盾，他的工作更显得艰难而无所适从。五月，院、府的秘书工作归于正常，许宝蘅萌发退意。五月十七日（7月1日），许氏递总统书，请退出承宣厅，奉批“勉为其难”，不允。[24]同时，许又上书总理陆征祥，请求辞去国务院秘书之职。五月二十一日，他再见袁世凯，略陈乞退之意，“总统仍以忍耐为嘱”。[25]时许氏已聘德清俞陛云次女俞玟为继室夫人，准备完婚，请同僚阮忠枢再向袁代陈，要求请假，但未获准，直到八月二十五日（10月5日）才获假一星期完婚。这件小事也可见袁世凯对许宝蘅的信任与依赖。本来国务院秘书长张国淦（字乾若）推荐许宝蘅为铨叙局局长，“总统、总理始均认可，惟以秘书厅无熟手为虑，继又有他人欲得之，故迟迟未发”，直到九月初八日（10月17日）才正式任命。[26]

许宝蘅在日记中对民初政府机构、官衙的转迁及袁世凯生活起居情况的记载，为其他文献所无，也非局内人所能知晓和了解。日记写道：

二月三十日（1913年4月6日） 星期。今日总统移居西苑，国务院亦移至集灵囿。此地原连属于西苑，醇王摄政时就此建府，自宣统初元兴工，三年未落成而清亡矣，土木之工极为奢侈，当时物力艰难，虽不爱惜，可为感叹！今国务院迁此，修其未竣之工及装饰铺陈，又须耗费无算，窃为不然。且房屋二三百间，分为三所，并不能合公署之用，西园为秘书厅，厅后为国务会议之所，东所及中所为总理住室及十部办公室，并无余地可置各局，故本局暂时不能迁往。[27]

许氏对袁世凯迁居西苑没有异议，对国务院迁至集灵囿颇有微词，以为又将耗费国帑，且并不能满足全院之用。日记又记：

三月初五日（1913年4月11日） 入西苑门，昔年辨色入朝，经行旧地，不胜感叹。军机直庐现为卫兵住所，所划数间为接待室，坐船至宝光门下，到秘书厅，即仪鸾殿，现改为怀仁堂，正室为总统治事，东为秘书厅，西为军事处。

四月初十日（5月15日） 一时到西苑，总统已移至丰泽园办事，秘书厅在菊香书屋，偕书衡（王式通，字书衡）至春耦斋游览，四时到局，六时归。[28]

这是袁世凯作为民国总统入主西苑（今中南海）的相关记载。他将慈禧居住的仪鸾殿改称怀仁堂，作为办公地点；一月后又移住丰泽园办事，秘书厅在菊香书屋。此后，中南海一直是民国政要居住和办公的场所。许宝蘅还记录了民国三年、四年元旦总统接受官员“觐贺”和政府公宴的场面：

癸丑十二月初六日（1914年1月1日） 八时起。挹珊（史久望）来，与治香（傅岳棻）同到西苑觐贺，总统在怀仁堂受贺，余等入西苑门坐拖床到宝光门，在东配房候齐。第一班，国务员、大理院长、政治会议议长；第二班，本府属官；第三班，各国公使；第四班，皇室代表；第五班，天主教主教；第六班，院属厅局及各部属官。余等十一时行礼。又偕仲膺（夏寿田）、治香、挹珊谒黎副总统于瀛台。十二时到国务院谒总理。

癸丑十二月十二日（1914年1月7日） 十二时赴西苑公宴，在怀仁堂外，总统居中，左黎宋卿（黎元洪），右熊秉三（熊希龄），皆南面专席，政治会议议长、副议长、皇族伦贝子、润贝勒、侗将军、章嘉呼图克图、国务员侍坐，各部次长、各局长、政治会议委员、各蒙古王公、喇嘛均北面，共二十七席，二时散。

甲寅十一月十六日（1915年1月1日） 六时半起。访杨仲桓，同诣西苑门，坐冰床诣怀仁堂，觐贺大总统，遇各衙门熟人，握手相贺，十时礼毕。又诣瀛台贺副总统，散出，沿堤出西苑门，此道乃昔年常经之处，今已桥阑坍毁，道路荒秽矣。[29]

1915年10月10日（九月初二日）是国庆日，“定例总统今日阅兵、宴会”，但是，复辟帝制的舆论喧嚣尘上，政局微妙，故均停止举行。经过杨度、杨士琦等筹安会诸君子的精心策划，在日本的支持下，袁世凯宣布称帝。1916年1月1日（乙卯十一月二十六日），怀仁堂上演了中华帝国的臣僚觐见洪宪皇帝的一幕。许宝蘅记云：

八时起。九时半到新华门乘汽车、洋车到宝光门，诣怀仁堂，诸特任简任官齐集，十时半今上出，立怀仁堂阶上，众行三鞠躬礼，班散，今上御宝座，清室代表贝勒溥润先进见，次章嘉呼图克图，次天主教主教，今上均起座行礼，十一时毕。[30]

日记中的“今上”即袁世凯。与前清在紫禁城内行叩拜礼不同，官员们只需在怀仁堂行三鞠躬礼而已。“今上”又对清室代表、蒙古地区宗教人士和天主教主教的行礼“起座行礼”，这些比起清王朝的礼制，已大为进化，含有了西方文明的因素。然而，帝制毕竟还是帝制。许宝蘅虽对袁称帝无甚评论，但新年（丙辰）日记开篇题“洪宪元年”四字，表明他对此并无成见。[31]

但是，袁氏逆时代潮流而动的行为很快遭到各界的声讨，北洋集团内部也出现反对的声音。二月十九日（1916年3月22日），袁世凯不得不命令取消帝制，将推戴书退还参政院，并召集参政院开临时会。次日命将洪宪年号废止。在反袁的浪潮中，许宝蘅也开始对“元首”有委婉的批评。日记云：

二月廿八日（3月31日） 二时到部。阅袁子久家书，议论颇切实。

三十日（4月2日） 星期。夜阅袁子久书札。[32]

许宝蘅并没有直接批评袁世凯，而是借用袁之叔父袁保龄（字子久）训诫袁世凯的话来表达自己的见解，这非常符合传统士大夫为尊者讳的伦理修养。五月初六日（6月6日），袁世凯病死，他才于日记中发表了自己的感慨。不过，仔细品味，也难以看出批评的意味：

十二时闻项城薨逝，迎黄陂（黎元洪）代理。项城生平怀抱极阔大，欲建功立名，果敢坚强，乘时际会，当国五年，訾毁者虽多，要非群材所能比拟也。星命家多言其今年不利，其果然耶？国事如何，黝冥莫测，不独为逝者哀，实可为斯民痛也。午后到部，与诸友谈，不愿治事，六时即散归。[33]

此后一个月，他多次入新华门，到怀仁堂致祭。无论是常祭，官员公祭，还是大祭礼，他都准时参加，直到五月二十八日（6月28日）袁氏举殡。可见，许宝蘅对袁世凯始终怀着敬畏和景仰的心态。这与孙中山逝世后许氏的评说可做一对比。1925年3月19日许氏日记：

昨得内务部知会，孙中山灵柩今日由协和医院移殡社稷坛，各官署长官均往送，余派渤鹏代往，拟作挽联，殊难措辞。……作中山挽联云：“生有自来，百世万年兹论定；没而犹视，九州四海庶澄清。”余常谓中山为人强忍，非常流所及，生于同治乙丑，正甲子克复金陵之后，与秦始混一而胡亥生、曹魏初兴而司马显、唐文皇继立而武才人在宫无异，以轮回之说推之，或为洪、杨之转世，其生必有自来，否则以一匹夫而享大名，虽清室之亡不由斯人，而名则斯人受之矣。[34]

在今天看来，以轮回转世之说解释孙中山的际遇与功业不免有荒诞之嫌。许宝蘅以洪杨转世喻之，显然是有倾向性的。他对孙“以匹夫而享大名”多少有些不理解，只能推说“其生必有自来”。这些评论很难视为一种正式的历史评价。不过，结语所谓“虽清室之亡不由斯人，而名则斯人受之矣”最有味道，值得治史者仔细玩味，大概其心中难免有以旧主袁世凯作参照的意味。许宝蘅终究是旧式文人，思想保守，后参与丁巳复辟，又追随溥仪到了伪满。[35]其遗老情结如此之深，对孙中山略有微词也就不足为奇了。