戊戌四月前，张氏对康有为的政治活动予以了全力支持。当时，康、梁联络朝臣，在北京开保国会，宣传变法。第一次大会借用粤东会馆开会，便得到张荫桓的允诺。保国会期间，驻日公使裕庚突然致函总理衙门，密告康氏弟子徐勤及汪康年等人与革命党人孙中山有交通之事，康、梁闻讯惊慌失措，慌乱之中停止了开会活动。张荫桓则利用职权将裕庚密告之事压住不发，冒险保护康、梁等人，避免了一场大狱的发生。[106]

然而，随着朝局的剧烈动**，张、康关系也开始出现微妙变化。先是，因中德胶州湾交涉、中俄旅大交涉以及英德续借款等问题，直接负责谈判的翁同龢、张荫桓频遭朝野激烈的抨击。[107]四月二十七日翁被开缺后，张荫桓便成为众矢之的。五月初，刚刚受到皇帝召见的康有为策动御史杨深秀、宋伯鲁参劾礼部尚书许应骙，终于引发了一场不小的政治风波。一直在幕后密切关注局势的慈禧与光绪帝发生了激烈冲突，张荫桓成为其中的焦点人物。

戊戌年春礼部尚书许应骙不仅反对破格召见康有为及总署代递康氏条陈，还极力阻止康、梁开保国会。康被召见后，奉命在总理衙门章京上行走，并被授以专折奏事之权，这些格外恩遇使他深受鼓舞。五月初二日，康氏授意杨、宋纠弹许应骙“守旧迂谬，阻挠新政”，建议将许“以三四品京堂降调，退出总理衙门行走”，“解去部职，以为守旧误国者戒”。[108]虽然奏疏中不乏对其思想守旧的抨击，但也有挟私报复的动机。杨、宋疏上，光绪帝震怒，令许明白回奏。五月初四，许应骙在复奏中对杨、宋的指责拒不承认，并暗示康氏于幕后从中指使；进而抨击康“少即无行，迨通籍旋里，屡次构讼，为众论所不容。始行晋京，意图侥幸。终日联络台谏，夤缘要津，托词西学，以耸观听”。“嗣又在臣省会馆私行立会，聚众至二百余人，臣恐其滋事，复为禁止，此臣修怨于康有为之所由来也。”许氏又揭露康氏被召对后“即以大用自负，向乡人扬言”，并称：“今康有为逞厥横议，广通声气，袭西报之陈说，轻中朝之典章，其建言既不可行，其居心尤不可问。若非罢斥驱逐回籍，将久居总署，必刺探机密，漏言生事；长驻京邸，必勾结朋党，快意排挤，摇惑人心，混淆国事，关系非浅。”[109]他对康的回击也是针锋相对，毫不示弱。没有直接材料表明纠参许应骙幕后有张荫桓的参与，但参许事件以及光绪帝对许的严厉态度，激怒了最高当权者慈禧太后。

五月初三日，御史胡孚宸发难，纠参张荫桓在筹办英德续借款一事中受巨贿，与翁“平分”，要求严惩。在许应骙被责令明白回奏的次日，发生言官对张氏的严参，并非偶然。这是张氏政敌有预谋的一次反击。一直对张荫桓“蛊惑”皇帝不满的慈禧，不失时机，于五月初五清晨下懿旨，令步军统领衙门左翼总兵英年预备查抄张荫桓府宅，将其拿交刑部治罪。旋因奕劻、立山、崇礼等权贵从中缓颊，事态才有所转机。张氏政变后回忆说：

是日，太后在颐和园召见庆邸、廖寿恒、刚毅，问近日张荫桓遇事颇为专擅，参奏甚多，尔等有所闻见否？廖寿恒对以总理衙门所称能办事者，惟张荫桓一人，实亦非伊不可。太后闻之怒甚，因云：似尔所言，若张荫桓死了，则将如何？当下诸臣俱碰头莫敢一言。移时，太后复云：我亦知张荫桓颇能办事，究竟有无专擅之迹？廖寿恒等见太后盛怒，因奏对曰：张荫桓在总理衙门遇有事件，有与同官商议者，亦有一人专主者，缘张荫桓所识洋人颇多，凡交涉密议，行踪诡密，旁人不得闻知。时皇上亦侍侧，太后因言张荫桓遇事专擅，皇帝明日叫起入见，可以严加申饬，使知警戒。[110]

慈禧太后对张氏“专擅”的惩戒，毋宁说是对光绪帝事事信任张荫桓发出的严重警告。初六日，光绪帝召见枢臣和张荫桓时，令张氏阅览了所有弹劾他的奏折，非但没有责备张氏，反而斥责枢臣“什么事不管，问起来绝不知道，推给一个人挨骂”，并传谕“张荫桓不必忧虑”。[111]慈禧对张的严厉态度，多少是针对光绪帝苛责许应骙、袒护康有为一事而发，她对张荫桓与康的密切关系也不会毫无所知。因此，两宫对许、张的态度，实际上折射出他们对康的不同态度。虽然查抄事件因为张氏的私下活动而作罢，但风波并未就此结束。

五月二十日，御史文悌又上折弹劾杨深秀、宋伯鲁联名庇党，“诬参朝廷大臣”，为许应骙抱打不平。文悌称赞许“珍惜名器，物色通才”，“立身行事，自有本末”，深合大臣之体；攻击康有为“胆大妄为，不安本分”，立保国会“聚集匪徒，招诱党羽”，“暗营保荐以邀登进”；又称康“行踪诡秘，恒于深夜至锡拉胡同张大人处住宿，盖户部侍郎张荫桓与康有为同县同乡，交深情密，是则许应骙言其‘夤缘要津’，亦属有因”。故许应骙所论康有为各节“皆非揣测之辞，概可信也”。[112]文悌揭发康有为“暗营保荐以邀登进”、结张荫桓为奥援，许应骙并非不知道，而是不便挑明。光绪帝并非不知张、康之间的关系，而是此时已不能容忍任何人对康的抨击。他断定此奏系“受人唆使”，指责文悌欲开台谏结党互攻之习，盛怒之下取消其御史资格，令其回原衙门行走。[113]对文悌的严惩，再一次表明光绪帝坚决袒护张、康的鲜明态度。至此，两宫的分歧已难弥合。

文悌弹章在朝野影响甚大。六月十八日，皮锡瑞在长沙从《时务日报》看到文悌参劾康之折稿，知“康工部得志，乃张樵野主持”。次日，又与友朋谈论此事，对康与文悌皆有评论。皮氏日记云：

《时务日报》列文悌参康工部疏，讦发阴私，非奏疏体，孔子改制亦非满人所知，谓讲学不应昌言国亡及申民权、去跪拜之类，所见尤陋！惟言其（康）好利、好钻营、钻张樵野之类，当属有因。观古来能干大事之才，多不矜细行，欲图进用，不得不托足权门，必苛绳之，三代下无完人矣。特不知南海（康）果能任大事否耳？[114]

皮氏批驳文悌、袒护康有为的倾向很明显。在他看来，“能办大事之才，多不矜细行”，对康“托足权门”，“钻营张樵野”并不苛责，关键是看康氏能否做成大事？可是，对于康的政敌而言，钻营权贵正是他们攻击康氏的要害之一。

文悌劾康事件后，张、康之间的私密关系已经彻底暴露出来。康氏激进主张招致守旧势力的猛烈攻击，一些官员又对张屡次参劾，这些都使张荫桓承受了巨大的压力，不得不格外韬晦。就连与康有嫌隙的同僚许应骙也劝其“自为计”，这让张氏大为感动。[115]五月，光绪帝催议康有为《第六书》，张荫桓已显得无能为力了。五月十四日总署递上《遵旨议覆康有为条陈折》，对康氏主张全盘否定。[116]光绪帝对此大为不满。据梁启超说：“皇上召张荫桓，切责之，谓汝等尽驳康某之奏，汝等欲一事不办乎？”[117]据张日记，五月十六日在颐和园受到皇帝召见，跪对三刻，[118]向张表达不满应在这天。张荫桓显然很快将这一情况反馈给了康、梁。是日总署被责令对康折“另行妥议具奏”。[119]直到五月二十五日，总理衙门才上折称因“事关重要”，请派王大臣会同总署议奏。光绪帝再以朱谕令军机大臣与总理各国事务衙门王大臣“切实筹议具奏，毋得空言搪塞”。[120]在对康折的讨论中，张荫桓只是对其中将造币交督办官银行大臣盛宣怀及总署选派司员游历两条提出了自己的看法，后来也未能被采纳。[121]六月十五日，枢、译会奏折上达，对设立制度局等主张全行驳斥，只同意建立铁路矿务总局。光绪帝甚是无奈，只得谕令王文韶、张荫桓二人主持该局。至此，康氏精心设计的以建立制度局为核心的改革方案，最后被消解成为建立一个由张荫桓参与管理的路矿总局。康氏欲进入权力核心的计划就此彻底破灭。

因右额疮患，自六月初六日起，张荫桓便杜门休息。随后几次具疏请假，直到七月初五日才销假。家居养病期间，总署总办与廖寿恒、王文韶等同僚频频造访，商议公事，并屡次“促其销假”。张氏销假当天，立即受到光绪帝召见，咨询各事。张氏奏言“鄂督《劝学篇·明纲》篇中述西俗婚配一段，若删去则成善本，请颁行天下，俾得家喻户晓，裨益良多”。[122]光绪帝极表赞同，稍后又将《劝学篇》中所删大小字用红签粘出，令军机大臣廖寿恒送到张宅饬观。次日在上谕中明令删去此有关西俗婚配的内容，其余照原文排印，由总署印制300部。[123]光绪帝对张荫桓超乎寻常的信任并未因其身处逆境而有丝毫的减弱，但张氏与康有为的关系则大大疏远了。

有关戊戌七月张、康关系的直接文献很少。据政变后蔡金台致李盛铎信中称，七月张荫桓曾反对康氏充任伊藤博文来华访问的迎送使；并反对光绪帝派康到日本坐探变法。[124]当时，张自保不暇，在总署讨论公务时反对康氏任差，是完全有可能的。对此，张荫桓本人也有所透露。他在政变后说：“日本致仕相伊藤来华，李端棻保康为迎送使，实康折稿，奏入留中，由是康颇惊皇。”[125]张氏虽未言折稿因何故留中，但他是知道内情的。张荫桓又说：

七月间，皇上有朱笔谕条，令我向日使言中国拟派头等钦差驻日本。又拟派康有为赴日坐探变法事宜，我恐日廷不允接待，即至总署与廖仲山言谕。正谈叙间，又奉皇上墨谕，内言告知日本，此后往来公牍，可将日皇徽号全行书写。我即往拜日本使臣，将先奉朱谕隐起，仅将墨笔谕宣示，因向该使臣谈及中朝欲遣头等钦使之意，日使喜甚，允电日廷政府，念余日并未见有回电，竟作罢论。[126]

孔祥吉、村田两位先生利用日本外务省所藏档案进行研究后发现，张的上述回忆可从日本公使林权助给外务省的报告中得到印证。事情发生于七月十九日这天，张荫桓与王文韶（非廖寿恒，此处系张误忆）抵达日本使馆后，只传达了光绪帝赠送天皇头等第一宝星、将黄遵宪从公使升格为大使的愿望，并未将皇帝“拟派康有为赴日，坐探变法事宜”的意愿告知日本方面。[127]张荫桓这样做显然是不遵圣意，但是，迫于当时的形势以及慎重外交的考量，他仍然反对将康派往日本。

七月下旬，康氏与参劾礼部六堂官而被擢为四品京堂的王照关系日渐密切。据王照后来说，康有为“尊君权”、“去太后”、视慈禧为“万不可造就之物”的看法，都是受了张荫桓的影响。[128]七月二十六日，王照上折参劾张荫桓滥保革员张上达，康闻之，以为张是皇上亲信，前来劝阻。[129]但也有传闻说王照劾张是康有为授意者，意在倾陷张氏，[130]甚至有传言说王照参折系张荫桓授意，“冀泯交通迹”。[131]当时谣言盛行，孰是孰非，往往很难定论。但有一点可以肯定，百日维新后期张、康已经比较疏远。从张氏斥责康有为“疯痰”的口气看，康氏铤而走险，借光绪帝传出的密诏令谭嗣同夜访袁世凯，密谋兵围颐和园的计划与张荫桓恐怕没有直接关系。这种鲁莽举动绝不是久宦官场的张荫桓所能赞同的。但是，新旧斗争的格局中，他们的政治命运早已无法分开了。